Existen algunos datos que permiten ver la evolución del municipio a lo largo de los siglos. La Letaniaportillo es un paraje en la muga de Artajona en el que se encuentra el Dolmen de Langortea, cuya losa de cabecera sirve de muga entre los dos pueblos. En las Nekeas y otras partes del término aparecen vestigios arqueológicos (silex, cerámicas). Gazteluzar es un poblado prehistórico sin explorar. En su término existe el yacimiento arqueológico "de Nekeas de Añorbe". Se encontró también un fragmento de miliario romano fechado hacia el año 200 d.C..
Añorbe se encuentra documentado desde el siglo XI como "Ainorbe" y "Aniorbe". En la Edad Media era una villa de señorío múltiple de realengo, nobiliario y eclesiástico. En el siglo XII, algunos de sus mezquinos y collados fueron donados al monasterio de Leire por Lope y Sancho Fortuñones y por Urraca Ortiz de Orcoyen. Ya en el siglo XIII, varios bienes del término pasaron a la jurisdicción de la abadía de Iranzu y a los hospitalarios de San Juan de Jerusalén. Sin embargo, hay un dominio directo de la corona de Navarra. En 1309, Iñigo Pérez de Sansoáin, donó a la Catedral de Pamplona los palacios y collados que poseía en Añorbe.
Ya a comienzos del siglo XV, las pechas regias, cedidas en 1379 al escudero Peroch de Eusa, se integraron en las rentas anejas al vizcondado de Muruzábal, y posteriormente pasaron al monarca Felipe de Navarra y a sus sucesores. Aproximadamente la mitad de su población era en los siglos XIV y XV de filiación infanzona o hidalgo. Tenía dos iglesias parroquiales cuyos titulares figuran en los libros del rediezmo para Tierra Santa (siglo XIII) como San Emiliano o Miliano (San Millán) y San Miguel. Tres siglos después en las constituciones sinodales de 1591 aparecen dedicadas a San Pedro y San Miguel, a pesar de haber sido unidas en 1529 bajo el título de Nuestra Señora de la Asunción.
La villa perteneció a Valdizarbe hasta su segregación en 1846 como municipio propio. Según relata Pascual Madoz en el segundo tomo de su Diccionario Geográfico-Estadístico-Histórico de España y sus posesiones de Ultramar, aparecido en 1845, "...Añorbe contaba con 130 casas, casa municipal, cárcel pública, carnicería y algunas tiendas de comestibles, así como de escuela de primeras letras a la que concurrían 60 niños de ambos sexos además de un hospital, propiedad de la Cofradía Mayor de San Martín, fundada el 8 de julio de 1749, del que ya no queda nada...". A mediados del siglo XIX, (Madoz), Añorbe contaba con perfectas comunicaciones con los municipios vecinos, así como de servicio de correspondencia. Destacaba entonces por la cría de ganado lanar, cabrío, de cerda y vacuno, así como del cultivo de cereales y viñas, de las que se obtenían buenos caldos.